Die Schöndorfer Kirche, im oberen Teil des Dorfes gelegen, ist von Süden her besonders gut sichtbar. Ein mächtiger, achteckiger Dachreiter krönt das Kirchengebäude, das in der heutigen Gestalt 1716/17 neu aufgebaut wurde.
Damals waren die Schäden der Vorgängerkirche nach dem 30-jährigen Krieg wohl nicht mehr reparabel. Ein neuer Kirchenbau unter dem Patronat des Tausaer Rittergutes (Wappen von Rietesel) mußte errichtet werden.  
Aus dieser Zeit stammt der schöne Barockaufbau der Kanzelwand. Lediglich die bis heute auf dem Turm befindliche Bronzeglocke ist aus der Vorgängerkirche erhalten. An ihr findet man die Jahreszahl 1654.
Die Vorgängerkirche reichte sicher in die Zeit der fränkischen Dorfgründung ins 13./14. Jahrhundert zurück. Jedenfalls um 1450 wird der katholische Pfarrer Nikolaus Flamberger erwähnt.
In vorreformatorischer Zeit gehörte die Pfarrei Schöndorf zum Pößnecker Diakonat, das dem Erfurter Bischof unterstand.
1528 wird die Einführung der Reformation von Neustadt/ Orla aus bezeugt. Von da an sind alle Pfarrer namentlich bekannt, auch ihre Dienstjahre in unseren Dörfern (siehe Altarrückwand). Leider wurde die Schöndorfer Pfarrstelle 1997 aufgelöst.
Das gut erhaltene Pfarrhaus entstand 1626 - mitten im 30-jährigen Krieg.
Umfangreiche Kirchenrenovierungen sind u.a. aus den Jahren 1850 und 1928 bezeugt.
Bis Mitte des 19. Jahrhunderts hatte unsere Kirche noch vor dem Haupteingang einen relativ großen Vorbau, von dem aus die Emporen zugängig waren. Bei der Renovierung im Jahre 1850 wurden die Treppenaufgänge in die Kirche verlegt und die 2. Empore etwas abgesenkt. Jeweils an den Außenseiten der Nord- und Südwand der Kirche gab es einen eigenen Aufgang für die Patronatsstände der Rittergüter Külmla und Tausa. Diese Aufgänge und die separaten Stände im Inneren der Saalkirche wurden erst 1966 beseitigt. Im Jahre 1883 bekam unsere Kirche die heutige Orgel von der Firma Eifert, Stadtilm, mit dem neugotischen Prospekt. Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche mit den beiden wertvollen Buntglasfenstern im Altarraum geschmückt. 
Bei der Renovierung im Jahre 1966 wurde die Kirche in sehr nüchternen weißgrauen Farben angestrichen. Das entsprach dem damaligen Geschmack. Sinnvoll war die Entfernung der oberen Empore und die Neugestaltung des Altars und des Taufsteins.

1996/97 mußte eine sehr kostenaufwendige Sanierung des Dachtragwerkes und der Kirchendecke vorgenommen werden. Die anschließende umfassende Innenrenovierung wurde mit einem neuen Farbkonzept ausgeführt. Dazu passen auch die neuen bequemen Bänke und der Fußbodenaufbau.  

Am 06. Juli 1997 wurde unsere Kirche durch Landesbischof Hoffmann auf den Namen des Evangelisten Johannes wieder festlich eingeweiht.

Eine Summe von etwa 400.000,- DM mußte für diese Renovierung aufgebracht werden, daran waren beteiligt: die ev. luth. Landeskirche Thüringen, die politische Gemeinde Schöndorf, die Partnergemeinde Heimsheim, das Programm der Dorferneuerung, Lottomittel des Landes Thüringen, ein Benefizkonzert der Volksmusik und viele Spenden aus unseren Dörfern.

Seit fast 350 Jahren dient schon die ältere Glocke unserer Gemeinde. Sie trägt folgende Inschrift und lädt die Gemeinde durch Jahrhunderte damit ein: „Suchet zuerst Gottes Reich".